Миховил Клапан е юноша на хърватския ФК Риека, a през 2014-та и 2015-та получава шанса да играе за дублиращия и първия тим на клуба. В страната си е играл също и за ФК Опатия (2016/17). В словенското първенство има богат опит, защитавайки цветовете на ФК Целие, ФК Анкаран, ФК Алуминий и ФК Сеница.

В началото на 2020-та година се присъединява към представителния тим на ПФК Локомотив Пловдив. Още същия сезон (2019/20) печели Купа на България с отбора на „черно-белите“.